Antykoncepcja jest zwykle stosowana przy długim protokole, przede wszystkim by uniknąć powstawania torbieli po podaniu analogu GnRH. Uważa się natomiast, że zastosowanie antykoncepcji przed krótkim protokołem antagonistycznym może zmniejszać jego skuteczność – wtedy stosuje tzw priming estrogenowy, zwłaszcza u pacjentek z ograniczoną rezerwą jajnikową.
